根据高新区创新服务中心的职能，下设3个内设职能部门。 
      （一）综合财务部 
            1、负责人事、劳资、文秘、文印、印章、档案管理，固定资产管理、车辆管理、后勤保障工作； 
            2、负责制定和完善中心内部各项规章制度并监督执行； 
            3、负责中心对外宣传、联络、协调及接待工作； 
            4、负责中心行政、工会经费的财务管理，各项经费的年度预算、年终决算工作； 
            5、负责中心财务数据资料的收集、统计、汇总、分析，形成统计报表上报相关部门，同时为领导提供决策参考； 
            6、负责重庆开创高新技术创业投资有限公司财务工作； 
            7、负责中心贷后管理工作，加强对贷款资金的管理，监督企业合理使用贷款资金，严格专款专用。 
            8、负责区内公务出国考察团组的相关手续办理工作。 
      （二）项目发展部 
            1、负责国家科技型中小企业技术创新基金、创新基金小额资助申报、培训、咨询、指导、推荐、监理、代理验收等； 
            2、高新区中小企业贷款申请受理、评审； 
            3 、高新区股权式投资受理、评审工作； 
            4、高新区信用促进会日常工作等。 
      （三）培训部 
            1、负责区内中小型科技企业咨询诊断及人才培训服务； 
            2、负责组织企业与研究开发机构间的合作与交流； 
            3、管理重庆邮电大学高新区研究生分院以及正大创新学院的工作； 
            4、编写高新区及创新中心杂志； 
            5、管理创新中心网站等工作。